Создана в 2000 году на базе отдела математического моделирования. Основными направлениями деятельности лаборатории являются:
1. Экспертная деятельность:
1.1. Экспертиза компьютерной техники, носителей информации, периферийного оборудования и программного обеспечения.
1.2. Участие в производстве экспертиз других видов при необходимости применения математических и компьютерных методов обработки информации.
2. Научная деятельность:
2.1. Разработка методик экспертиз компьютеров и программного обеспечения.
2.2. Разработка алгоритмов обработки данных и программного обеспечения для различных видов экспертиз.
3. Организационно-техническая деятельность:
3.1. Поддержка на надлежащем техническом уровне компьютерной техники КННИСЭ.
3.2. Подбор существующего и разработка оригинального программного обеспечения для потребностей автоматизации деятельности института.
3.3. В лаборатории функционирует малотиражный полиграфический комплекс на базе ризографа “RA 4050″, который обеспечивает подразделения института бланками и иной подобной печатной продукцией.
Лаборатория оснащена современным компьютерным и периферийным оборудованием. В штате лаборатории состоят молодые перспективные специалисты.

Установление:
- документальной обоснованности нехватки или излишков товарно-материальных ценностей и денежных средств, периода и места их создания, а также размера нанесенного материального вреда
- правильности документального оформления операций по приемке, хранению, реализации товарно-материальных ценностей и движения денежных средств

Лаборатория судебных пожарно-технических исследований (СПТИ) организована в 1992 году. Штатная численность лаборатории 7 сотрудников, из них 3 сотрудника - внештатных. Все сотрудники имеют высшее техническое образование, два сотрудника имеют ученую степень кандидата технических наук. Четыре сотрудника прошли специализацию из области пожарного дела, работая длительное время в Украинском НИИ пожарной безопасности.
Основная работа в лаборатории СПТИ, которая заключается в установлении причин возникновения пожаров, проводится по постановлениям следственных органов, органов дознания, прокуратуры, по определениям суда, письмам других структур и письмам граждан.

Лаборатория судебных автотехнических экспертиз Киевского НИИ судебных экспертиз в настоящее время выполняет 5 видов экспертиз по следующим экспертным специальностям:
10.1. Исследование обстоятельств ДТП.
10.2. Исследование технического состояния транспортных средств.
10.3. Исследование деталей транспортных средств.
10.4. Исследование следов транспортных средств (транспортно-трассологические исследования).
12.2. Автотовароведческие исследования.

Создана в 1989 году и является самым “молодым” структурным подразделением Киевского научно-исследовательского института судебных экспертиз Министерства юстиции Украины. Основным направлением деятельности лаборатории, как и института в целом, является разработка и совершенствование методик и технических средств экспертных исследований. В рамках этого направления разработана серия приборов на основе магнитооптических технологий (см. подробнее). Также имеются серьезные наработки в области голографической защиты документов.

Сотрудники лаборатории строительно-технических и товароведческих исследований занимаются разработкой научных тем, связанных с объектами недвижимости, строительными материалами и конструкциями. В ежедневной практической работе проводятся исследования в области строительства и товароведения.
Специалисты -строители проводят экспертизы по вопросам:
Оценка объектов недвижимости;
Варианты раздела жилых домов;
Складывание смет на ремонтно-строительные работы;
Определение материального ущерба вследствие заливания, пожара, и т.п.;
Определение технического состояния зданий и сооружений;

Лаборатория судебных биологических и почвоведческих исследований Киевского НИИ судебных экспертиз одна из старейших в системе судебно-экспертных учреждений. Ее сотрудники стояли у истоков формирования основ и создания судебной биологии. В настоящее время в штате лаборатории четыре научных сотрудника со стажем экспертной работы от 5 до 30 лет.

Исследование взрывчатых веществ и продуктов взрыва
· установление факта принадлежности объекта к взрывчатым веществам или веществам, которые можно использовать как компоненты для изготовления взрывчатых веществ, пороховых зарядов или пиротехнических средств

Лаборатория состоит из пяти секторов:
- судебно-технического исследования документов;
- судебно-трассологических исследований;
- судебно-баллистических исследований;
- судебно-взрывотехнических исследований;
- криминалистического исследования транспортных средств.

Специалистами лаборатории судебного почерковедения проводятся исследования рукописных записей, в том числе кратких и цифровых, рукописных текстов (в частности, анонимных писем), а также подписей, значение которых в последнее время возросло, поскольку разрешение имущественных споров нередко связано с установлением вопроса о подлинности подписей в договорах купли-продажи, займа, дарения, завещаниях, доверенностях, заявлениях (например, на приватизацию), документах сбербанков, книгах регистрации нотариальных действий.
Следует отметить, что исследования проводятся также и по ксерокопиям хорошего качества, в то время как в иных подобных учреждениях такие объекты, как правило, не принимаются на исследование.